Mitochondriale DNA kommt in fast allen eukaryontischen Organismen vor. mtDNA ist ein kurzes, zirkuläres und relativ konserviertes DNA-Molekül, und da es von der Mutter an die Nachkommen weitergegeben wird, findet dieser Test häufig Anwendung in der Populationsgenetik oder Phylogenetik.
Die mtDNA ist ein extrem variables Genom, da sie sich über einen Zeitraum von bis zu 2 Milliarden Jahren entwickelt hat. Da sie variabler ist als das Kerngenom selbst, eignet sie sich besonders gut für die Untersuchung der Variabilität zwischen Individuen derselben Population sowie zwischen weiter entfernt verwandten Populationen oder Abstammungslinien.
In einigen Fällen ist es notwendig, bei der Überprüfung der Herkunft von Tieren aus deklarierten Elterntieren (z.B. Tod des Muttertieres) eine Stammbaumanalyse auf der Seite des Muttertieres durchzuführen.
Da die mtDNA von der Mutter vererbt wird, ist dieser Test für den Züchter von unschätzbarem Wert.
Der mtDNA-Test hat unter anderem dann seine Berechtigung in der forensischen Praxis, wenn das Tier am Tatort anwesend war.
Eine weitere Anwendung des mtDNA-Tests ist die Untersuchung der Herkunft einer Population geschützter Tiere, einer Zuchtlinie von züchterischer Bedeutung, z.B. bei Bienen, usw.
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